A equipe chegou a participar do Campeonato Paulista de Futebol de 2009, porém sem vencer nenhum jogo da competição. Na última 💳 rodada, o Bahia acabou eliminado pelo Fluminense. O técnico Dunga, sem deixar de jogar, foi demitido da equipe do time do 💳 interior e substituído por Antônio Lopes. No dia 12 de maio, o Bahia anunciou a volta do atacante Marquinhos para a 💳 Seleção Brasileira, porém acabou sendo rebaixado para a Série C de 2010.Em julho, o Bahia voltou a se inscrever para a 💳 Série B do Campeonato Brasileiro de 2010.
